开始使用之前
- 将Panda的文件夹安装在MATLAB的路径当中
- MATLAB必须从 terminal 处打开,不能用shortcut的图标打开
文件格式准备
- subject name folder - DTI folder - DTI files 这种格式
- DTI files 应该有三个文件:B value file(bval), b vector file(bvec), nii file
- 用 MRIcron 可以直接将 Dicom 的原始文件 convert 过去
Full pipeline
- Pipeline mode: 如果只是一台电脑的话就选 batch; Max_Queued 是根据电脑的核数来的,会自动识别,所以不用改
- Diffusion parameters:
- Resampling resolution: 作者推荐使用 $2×2×2mm^3$, 较高的resolution 会耗费处理时间
- 删除raw NII file 以节约空间
- f(skull reovel): 去除DTI image中的brain tissue, 选用default值 0.25
- cropping gap(mm): 就是图像外面的空白大小,选用默认值 3mm
- Orientation patch:
- 剩下全是默认
Tracking & Network parameters
- Deterministic fiber tracking:
- Propagation algorithm: FACT
- Angle threshold: 45
- FA_threshold: 0.2~1
Network node definition
- 选择 parcellated native space: 这里我们使用 Freesurfer generate 出来的atlas.
- 需注意这个atlas需要是跟DTI data coregister 之后的,不然会fail掉,因为两个图像不match, 所以需要先生成DTI的file,再拿这个file去跟atlas做 coregistration.
- 生成DTI file: 此时 ‘Network Node Definition’ 及以下都不选择,运行到上面的fiber traking就能生成想要的文件,生成的文件是
trackvis
folder 下的dti_fa_color.nii.gz
- Coregistraion: 找到Freesurfer 生成的文件,用AFNI的suma function之后,会有一个 SUMA 的文件夹,该文件夹下面应该有一个
aparc+aseg_REN_all.nii.gz
和aparc.a2009s+aseg_REN_all.nii.gz
的文件,这两个文件就是我们要coregister的,可以任选一个,分别代表不同的T1 segmentation的atlas. 将dti_fa_color.nii.gz
复制到该 SUMA 文件夹下 Coregistration 的代码如下:
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63dcalc -a dti_fa_color.nii.gz -expr 'a' -prefix dti_fa_color
align_epi_anat.py -anat aparc+aseg_REN_all.nii.gz -epi dti_fa_color+orig -epi_base 0 -anat_has_skull no -epi_strip 3dAutomask -volreg off -tshift off -big_move
3dAllineate -1Dmatrix_apply aparc+aseg_REN_all_al_mat.aff12.1D -input aparc+aseg_REN_all.nii.gz -prefix aparc+aseg_REN_all_reg -NN -final NN
3dcalc -a aparc+aseg_REN_all_reg+orig -expr 'a' -short -prefix aparc+aseg_REN_all_short
3dfractionize -template dti_fa_color+orig -input aparc+aseg_REN_all_short+orig -clip 0.2 -preserve -prefix aparc+aseg_REN_all_coreg
3dAFNItoNIFTI -prefix aparc+aseg_REN_all_coreg aparc+aseg_REN_all_coreg+orig得到的
aparc+aseg_REN_all_coreg
就是要放在parcellated native space
处的文件。选择好之后再运行一遍就OK。
- Network construction: 用 deterministic